Quần đảo san hô và núi lửa này là nơi định cư của người Micronesia và Polynesia, là thuộc địa của Tây Ban Nha trong thế kỷ XVII, bị Đức xâm chiếm (1899), Nhật Bản (1914) rồi đến Hoa Kỳ (1944). Năm 1947, Liên Hiệp Quốc ủy quyền cai trị quần đảo này cho Hoa Kỳ.

Liên bang Micronesia được hưởng quyền tự trị năm 1979. Năm 1983, Micronesia bỏ phiếu chấp thuận Thỏa ước Hiệp hội Tự do (Compact of Free Association) với Hoa Kỳ. Micronesia trở thành quốc gia độc lập liên kết với Hoa Kỳ năm 1986. Quốc gia này gia nhập Liên Hiệp Quốc năm 1991, trở thành nước thành viên của tổ chức Quỹ Tiền tệ Quốc tế (IMF) năm 1993. Micronesia cũng như nhiều nước khác ở vùng Nam Thái Bình Dương được cảnh báo trước hiện tượng nhiệt độ tăng dần làm khí hậu toàn cầu nóng lên, mực nước đại dương tăng gây ngập lụt ở các vùng thấp ven biển.